女性的阴道局部有一定的屏障功能，发挥作用的是协调的菌群和局部分泌的一些免疫物质。经期，因为子宫内膜和宫颈的表层细胞脱落，毛细血管破裂，会改变阴道的局部微环境，导致阴道的屏障功能低下，不能有效的抵抗外界致病菌的入侵。
此外，经期如果不带避孕套同房，精子容易通过破裂的毛细血管进入血液系统，刺激免疫系统对精子产生抗体，导致免疫性不孕。