1梃击案　
万历四十三年（公元1615年）五月初四晚间，有个手持枣木棒的汉子，悄悄闯进了皇太子居住的慈庆宫，并用木棍将守卫宫门的人打伤，又闯入前殿的屋檐下，被擒获。这就是所谓梃击案。谋杀者据说是名疯子，受人指使，欲加害皇太子。在审理过程中，案情几次反复。实际情形是，谋杀者张差不疯不傻，是受宫内太监的引诱，并被接应到宫内行凶。由于皇家内部的矛盾和朝官的派系之争，受牵连的人很多。
2红丸案　
公元1620年八、九月之交，刚当皇帝不过30天的朱常洛一命呜呼了。据说他的死，与他病中所服的红色药丸有关。红色药丸究竟是寿药、道家丹丸还是别的什么毒药？一时间朝野纷沸，连宰相、皇贵妃都被牵连到此案之中。这就是“红丸”案。
3移宫案，
一些不应占居乾清宫（皇帝所居之宫）的妃嫔占居了那里，朝官中有人为了体制，要求她们迁出，由此而生出许多事来。先是万历帝的妃子郑贵妃以照料疾病中的万历帝为名，住进了乾清宫，万历帝死后，她还赖着不搬出来，弄得新皇帝不能搬进乾清宫，大臣们觉得太失体统，用尽心机，郑贵妃才不得不搬出来。朱常洛进乾清宫时，他的妃子李选侍跟随入居。红丸案发，朱常洛死去，这位曾想做皇后而不成的李选侍也效郑贵妃的样，不仅赖在乾清宫不出来，还把即将登基的皇长孙扣在身边，不许人见。群臣设法，将李选侍藏起来的新皇帝找到，几经争夺，新皇帝逃脱李选侍，她才不得不搬出乾清宫。搬时仓促，宫内珍宝丢失不少。
　　后来，恶宦官魏忠贤上台，三案又被抖落出来，不少人遭受无罪之难。待明朝末代皇帝崇祯登位后，重惩魏党，又将三案翻了回去，给被魏党整死的人平反昭雪。
4 妖书案 明末的一大疑案。发生于万历三十一年(1603)。明神宗朱翊钧皇后无子﹐王恭妃生子常洛﹐为皇长子。后郑贵妃生子常洵。郑妃得神宗宠爱﹐神宗有意立其子为嗣﹐故迟迟不立长子朱常洛。为此朝臣多次力争早日册立东宫。先是刑部侍郎吕坤撰《闺范图说》﹐太监陈矩购入禁中﹐神宗赐给郑贵妃。贵妃亲自作序﹐其兄郑国泰重刻此书﹐增刊后妃﹐起于汉明德皇后﹐终于郑贵妃。二十六年秋﹐有人撰写闺范图说跋﹐名曰《懮危竑议》﹐援引历代嫡庶废立之事﹐言郑贵妃欲夺储位﹐吕坤等助之。郑妃之党疑出自主张册立皇长子的吏科给事中戴士衡﹑全椒知县戴玉衡之手﹐神宗为此谪戍二人﹐了结此事。二十九年﹐神宗迫于朝臣压力﹐册立朱常洛为东宫太子﹐然仍不遣福王朱常洵至国。三十一年十一月﹐又出现《续懮危竑议》一书。书中言神宗立东宫为不得已﹐又不齐备东宫官属﹐含有日后改易之意﹔另外﹐神宗命朱赓入阁﹐是因赓﹑更同音﹐也寓有改易之意﹔书中并附有依附朱赓的内外官员名单。是书署名为吏科都给事中项应禅撰﹐四川道监察御史乔应甲刊。因其言词诡妄﹐所以当时称作妖书。神宗见书后大怒﹐立即命厂卫搜缉﹐大索奸人。项﹑乔两人上书自明﹐帝不问。其时浙党党魁沈一贯当国﹐与东林党人积怨已深﹐东林党人欲以此逐之﹐而沉一贯则反藉此案诬陷次辅沉鲤﹑侍郎郭正域﹐兴起大狱。一时京师缉校交错﹐捕风捉影﹐株连甚众。最后因太子为保全曾为他讲官的郭正域而出面讲话﹐东厂提督陈矩也因狱主无名恐辗转攀累不已﹐沉一贯等才归罪于有诈骗郑国泰前科的顺天府斥黜生员皦生光。次年四月﹐磔生光于市﹐草草了结此案。这一案件虽然不了了之﹐却充分暴露出明末朝廷中党争的激烈。